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82 Résultats
Domaines : sdv.mp.vir
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Analyse de l’épidémie de COVID-19 en France et scénarios de contrôle

Samuel Alizon , Mircea T Sofonea
[Rapport de recherche] 9, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Institut de recherche pour le développement (IRD); Université de Montpellier (UM), FRA. 2020
Rapport hal-02950665v1
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Les effets sexe spécifiques de COVID-19 en France et l’implication potentielle des déficits en G6PD

Yannis Michalakis , Mircea T Sofonea , Samuel Alizon
[Rapport de recherche] 11, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Institut de recherche pour le développement (IRD); Université de Montpellier (UM), FRA. 2020
Rapport hal-02950702v1
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Coevolution of virulence and immunosuppression in multiple infections

Tsukushi Kamiya , Nicole Mideo , Samuel Alizon
Journal of Evolutionary Biology, 2018, 31 (7), pp.995 - 1005. ⟨10.1111/jeb.13280⟩
Article dans une revue hal-01898496v1

Vertical transmission in Caenorhabditis nematodes of RNA molecules encoding a viral RNA-dependent RNA polymerase

Aurélien Richaud , Lise L. Frezal , Stephen Tahan , Hongbing Jiang , Joshua Blatter , et al.
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2019, 116 (49), pp.24738-24747. ⟨10.1073/pnas.1903903116⟩
Article dans une revue hal-02405506v1

Patterns and ecological drivers of ocean viral communities

Jennifer Brum , J Cesar Ignacio-Espinoza , Simon Roux , Guilhem Doulcier , Silvia G. Acinas , et al.
Science, 2015, 348 ( 6237), pp.1261498. ⟨10.1126/science.1261498⟩
Article dans une revue hal-01768331v1
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Repurposing the Hybrid Capture 2 (HC2) screening test for whole-genome sequencing of human papillomaviruses

A. Debernardi , W. Jarassier , C. Soret , C. Mougin , Samuel Alizon , et al.
Archives of Virology, 2021, 166 (12), pp.3421-3425. ⟨10.1007/s00705-021-05259-9⟩
Article dans une revue hal-03425708v1
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Early assessment of diffusion and possible expansion of SARS-CoV-2 Lineage 20I/501Y.V1 (B.1.1.7, variant of concern 202012/01) in France, January to March 2021

Alexandre Gaymard , Paolo Bosetti , Adeline Feri , Gregory Destras , Vincent Enouf , et al.
Eurosurveillance, 2021, 26 (9), ⟨10.2807/1560-7917.ES.2021.26.9.2100133⟩
Article dans une revue hal-03184264v1
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Two waves and a high tide: the COVID-19 epidemic in France

Mircea T Sofonea , Corentin Boennec , Yannis Michalakis , Samuel Alizon
Anaesthesia Critical Care & Pain Medicine, 2021, 40 (3), pp.100881. ⟨10.1016/j.accpm.2021.100881⟩
Article dans une revue hal-03289626v1
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Phylodynamique

Samuel Alizon
ISTE. Modèles et méthodes pour l’évolution biologique, , 2022, 9781789480696. ⟨10.51926/ISTE.9069.ch11⟩
Chapitre d'ouvrage hal-02884408v1
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Inexpensive Research in the Golden Open-Access Era

Samuel Alizon
Trends in Ecology and Evolution, 2018, 33 (5), pp.301 - 303. ⟨10.1016/j.tree.2018.02.005⟩
Article dans une revue hal-01788084v1
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Anticipating COVID-19 intensive care unit capacity strain: A look back at epidemiological projections in France

Mircea T Sofonea , Samuel Alizon
Anaesthesia Critical Care & Pain Medicine, 2021, ⟨10.1016/j.accpm.2021.100943⟩
Article dans une revue hal-03366541v1
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SARS-CoV-2 viral RNA levels are not 'viral load

Yannis Michalakis , Mircea T Sofonea , Samuel Alizon , Ignacio G. Bravo
Trends in Microbiology, 2021, 29 (11), pp.970-972. ⟨10.1016/j.tim.2021.08.008⟩
Article dans une revue hal-03419147v1
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Can we eradicate viral pathogens?

Samuel Alizon , Paul E Turner
Journal of Evolutionary Biology, 2021, 34 (12), pp.1851-1854. ⟨10.1111/jeb.13958⟩
Article dans une revue hal-03500287v1
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De Delta à Omicron, scénarios de tendances hospitalières pour l'hiver 2021-2022

Samuel Alizon , Mircea T Sofonea
[Rapport de recherche] 16, CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique; IRD - Institut de recherche pour le developpement; Université de Montpellier. 2021
Rapport hal-03502127v1
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Tracing the origins of SARS-CoV-2 in coronavirus phylogenies

Erwan Sallard , José Halloy , Didier Casane , Etienne Decroly , Jacques van Helden
Médecine/Sciences, In press, Août-Septembre 2020, 36, ⟨10.1051/medsci/2020123⟩
Article dans une revue hal-02891455v8
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Memory is key in capturing COVID-19 epidemiological dynamics

Mircea T Sofonea , Bastien Reyné , Baptiste Elie , Ramsès Djidjou-Demasse , Christian Selinger , et al.
Epidemics, 2021, 35, pp.100459. ⟨10.1016/j.epidem.2021.100459⟩
Article dans une revue hal-03289624v1
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Phage production is blocked in the adherent-invasive Escherichia coli LF82 upon macrophage infection

Pauline Misson , Emma Bruder , Jeffrey Cornuault , Marianne de Paepe , Pierre Nicolas , et al.
PLoS Pathogens, 2023, 19 (2), pp.e1011127. ⟨10.1371/journal.ppat.1011127⟩
Article dans une revue hal-04017385v1

Emerging resistance mutations in PI-naive patients failing an atazanavir-based regimen (ANRS multicentre observational study)

L Lambert-Niclot , C Grude , L. Chaix , L Charpentier , C Reigadas , et al.
Journal of Antimicrobial Chemotherapy, 2018, 73 (8), pp.2147 - 2151. ⟨10.1093/jac/dky142⟩
Article dans une revue hal-01899927v1
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Dynamic nanopore long-read sequencing analysis of HIV-1 splicing events during the early steps of infection

Nguyen-Quang Nam , Sophie Goudey , Emmanuel Segeral , Ammara Mohammad , Sophie Lemoine , et al.
Retrovirology, 2020, 17, pp.25. ⟨10.1186/s12977-020-00533-1⟩
Article dans une revue hal-02953802v1
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Epithelial stratification shapes infection dynamics

Carmen Lia Murall , Robert Jackson , Ingeborg Zehbe , Nathalie Boulle , Michel Segondy , et al.
PLoS Computational Biology, 2019, 15 (1), pp.e1006646. ⟨10.1371/journal.pcbi.1006646⟩
Article dans une revue hal-02069914v1
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SARS-CoV-2 viral dynamics in infections with variants of concern in the French community

Gina Cosentino , Mathieu Bernard , Joëvin Ambroise , Jean-Marc Giannoli , Jérémie Guedj , et al.
2021
Pré-publication, Document de travail hal-03217231v1
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Limites et délais dans l’estimation du nombre de reproduction

Samuel Alizon , Bastien Reyné , Mircea T Sofonea
[Rapport de recherche] 5, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Institut de recherche pour le développement (IRD); Université de Montpellier (UM), FRA. 2020
Rapport hal-02882697v1

Influenza virus protein PB1-F2 interacts with CALCOCO2 (NDP52) to modulate innate immune response

Olivier Leymarie , Léa Meyer , Lionel Tafforeau , Vincent Lotteau , Bruno da Costa , et al.
Journal of General Virology, 2017, 98 (6), pp.1196-1208. ⟨10.1099/jgv.0.000782⟩
Article dans une revue hal-01911416v1
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The dynamic interplay of bacteriophage, bacteria and the mammalian host during phage therapy

Jacopo Marchi , Sophia Zborowsky , Laurent Debarbieux , Joshua S Weitz
iScience, 2023, 26 (2), pp.106004. ⟨10.1016/j.isci.2023.106004⟩
Article dans une revue pasteur-04158863v1
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Quantifying the relationship between SARS-CoV-2 viral load and infectiousness

Aurélien Marc , Marion Kerioui , Julie Bertrand , François Blanquart , Oriol Mitjà , et al.
eLife, 2021, 10, ⟨10.7554/eLife.69302⟩
Article dans une revue hal-03405884v1
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Emerging dynamics from high-resolution spatial numerical epidemics

Olivier Thomine , Samuel Alizon , Corentin Boennec , Marc Barthelemy , Mircea T Sofonea
eLife, 2021, 10, ⟨10.7554/elife.71417⟩
Article dans une revue hal-03415297v1
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Analyzing and Modeling the Spread of SARS-CoV-2 Omicron Lineages BA.1 and BA.2, France, September 2021–February 2022

Mircea Sofonea , Bénédicte Roquebert , Vincent Foulongne , David Morquin , Laura Verdurme , et al.
Emerging Infectious Diseases, 2022, 28 (7), pp.1355-1365. ⟨10.3201/eid2807.220033⟩
Article dans une revue hal-03714983v1

Évolution, écologie et pandémies

Samuel Alizon
Points Sciences, 2020, 2757887238
Ouvrages hal-03045497v1
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Nosocomial transmission clusters and lineage diversity characterized by SARS-CoV-2 genomes from two large hospitals in Paris, France, in 2020

Valentin Leducq , Aude Jary , Antoine Bridier-Nahmias , Lena Daniel , Karen Zafilaza , et al.
Scientific Reports, 2022, 12 (1), pp.1094. ⟨10.1038/s41598-022-05085-2⟩
Article dans une revue hal-03541502v1
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HPV cervical infections and serological status in vaccinated and unvaccinated women

Carmen Lia Murall , Bastien Reyné , Christian Selinger , Claire Bernat , Vanina Boué , et al.
Vaccine, 2020, 38 (51), pp.8167-8174. ⟨10.1016/j.vaccine.2020.10.078⟩
Article dans une revue hal-03001077v2